在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車(chē)禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂(yōu)，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢(xún)問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿(mǎn)，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿(mǎn)可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿(mǎn)的位置，根據(jù)祥子提供的線(xiàn)索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話(huà)過(guò)去詢(xún)問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿(mǎn)到底出了什么事情？

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲(chóng)，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲(chóng)、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話(huà)給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線(xiàn)索就只有死者留下的一串字母。

小五郎受狩谷伴子太太所托來(lái)到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對(duì)可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢(xún)問(wèn)，卻并未找到，反而在小五郎等人離開(kāi)的時(shí)候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰(shuí)也沒(méi)想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對(duì)狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

在放學(xué)回家的路上，柯南、步美等人碰到了進(jìn)出珠寶店的高木警官，便一起跟了進(jìn)去，想不到在這里碰上了珠寶搶匪，于是，高木警官帶著柯南等人展開(kāi)了追捕，可追到屋頂時(shí)，搶匪竟然毫不猶豫的跳了下去，摔在了樓下的搬家貨車(chē)上而身亡。巧合的是這輛貨車(chē)的雇主貓?zhí)镎撬勒吆蟠宓睦习澹履细鶕?jù)搬家公司員工的說(shuō)法以及目擊者提供的零星線(xiàn)索斷定這是一起謀殺案件。