和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個皮包，打開之后里面竟是3千萬的巨額鈔票，沒過多久鈔票的失主平沼先生便來到了警局。經過調查之后高木警官發現平沼先生丟錢的時間有所出入，仔細觀察后的柯南得出了結論，平沼先生是在早上故意將錢放在路上，而他想把錢交給的則是有著晨跑習慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。

在警方介入調查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現代當家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關，在塔內他們還遭到了神秘人物的追趕，當柯南反應過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

茱蒂的追憶與賞花的陷阱（前篇）

為了趕上先搭上巴士前往滑雪場的少年偵探團一行人，柯南和灰原只好請昴先生駕車前往，途中他們巧遇高木警官，正在和高木警官談話的時候事件發生了。趕往現場后他們看到了從公寓高樓墜落的遺體，案發現場附近發現又三人認識墜落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的熱氣和未燃完的香煙成為了三人不在場證明的證據。

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協助讓辻元的店鋪將在明天開業，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。