死者因背部被利刃刺中失血過多而死，警方立刻展開了調(diào)查，他們首先對撒旦鬼塚進(jìn)行了偵訊，雖然他可以卸去魔鬼妝假扮送外賣的員工跑去二樓殺人，但大家并未在他的休息室內(nèi)找到鏡子，在沒有鏡子狀態(tài)下他如何變回魔鬼妝？柯南一開始就認(rèn)定社長是鬼塚所殺，可是卻苦于想不到他的犯案手法，一籌莫展之際，桌子上的紙鶴和透明尺給了他提示，變身魔鬼之謎終被破解！

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

警方將這三人都帶到了地下停車場，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說“L”的信息，步美和光彥就認(rèn)為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說出了真相！

最有可能犯案的就是第一個沖進(jìn)房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發(fā)時間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實(shí)，這無疑是染井?dāng)[脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發(fā)現(xiàn)場，事已至此，染井主動承認(rèn)自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。