毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進門后三人發現桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發現了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們去了何處。正在這時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。

唐三忍著被電的劇痛，用藍銀草把鐵籠子的欄桿死死捆住，他拼盡全力往外拉，藍銀草一點點被電枯萎，唐三被電到口鼻出血，鐵籠子的欄桿才拉開一個大縫，唐三因為體力透支暈倒在地，小舞和玉小剛急忙從大縫里出來攙起唐三。唐三掙扎著爬起來，他試圖召喚藍銀草，結果無動于衷，玉小剛勸他不要再浪費力氣了，他的武魂已經徹底廢掉了，蕭塵宇對唐三冷嘲熱諷，逼他俯首稱臣，玉小剛使出雙魂環，蕭塵宇根本不屑一顧，還取笑玉小剛是廢人，玉小剛讓唐三和小舞屏住呼吸，他召喚出沉睡的唐三炮，唐三炮跳起腳來沖蕭塵宇他們放了一個大煙彈，把蕭塵宇和柳龍等人當場熏暈，蕭塵宇揚言要追到圣魂村殺了他們，玉小剛惱羞成怒，返回來暴打他一頓，蕭塵宇嚇得連連求饒。玉小剛斷定蕭塵宇不會善罷甘休，唐三想回圣魂村把父親一起接走。王圣不肯放過這難得的報仇機會，把蕭塵宇一刀斃命。凌風聞訊趕來，看到蕭塵宇被割喉而死，就把昏迷的柳龍叫起來問明緣由，凌風看到被掰彎的鐵籠子，得知此事是玉小剛，唐三和小舞所為，讓柳龍把在場的侍衛都叫起來，一起去圣魂村追殺唐三他們，否則城主會讓所有人陪葬。唐三帶著小舞和玉小剛回到圣魂村，可唐昊不在家，玉小剛發現家具上落了厚厚的灰，猜到家里

柯南在靈車中發現了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團趕到會場后才發現葬禮已經結束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報廢場，在不知道靈車內有人的情況下柯南的處境十分危險。

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

一家房地產公司的黑心社長東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預告電話，而對方的目標就是東先生。嫌疑人有三個，小五郎和柯南一一找他們確認過，調查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。