帝丹小學(xué)校慶這一天，少年偵探團(tuán)拿著阿笠博士送給大家的電影折價(jià)券一起去看電影，大家爭(zhēng)執(zhí)之后決定去看哥美拉的三部片子，沒(méi)想到今天是這家電影院最后一天營(yíng)業(yè)，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現(xiàn)了一個(gè)黑影，原來(lái)這個(gè)黑影就是迫使電影院關(guān)門(mén)的張?zhí)锏倪z體，在警方要以自殺確定這件案子的時(shí)候，光彥卻說(shuō)一句讓大家驚訝的話！

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開(kāi)的11：0結(jié)合起來(lái)，解開(kāi)了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……

次日，山岳莊內(nèi)發(fā)出小蘭的慘叫，柯南等人趕到后發(fā)現(xiàn)恭子被人刺殺，就在大家推測(cè)出誰(shuí)是兇手時(shí)，河邊晃、潮文造和管理員都不見(jiàn)了蹤影，小五郎認(rèn)為潮文造有危險(xiǎn)便急忙跑入山中，不想?yún)s碰上地震，他們救了河邊晃后返回山岳莊，河邊晃承認(rèn)了自己的罪行，但卻否認(rèn)自己是銀狐，那么銀狐到底是誰(shuí)？潮文造又是出于什么樣的目的委托小五郎？

少年偵探團(tuán)一大早搭乘開(kāi)往米花樂(lè)園的電車，當(dāng)柯南以為沒(méi)人和他們一樣時(shí)，就來(lái)了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車，他們是鐵道研究社的，來(lái)這里是為了拍攝地上電車的照片，期間，川崎下車去前方拍攝行駛的電車，可就在電車急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車廂……

尸體被燒焦，根本無(wú)法辨識(shí)他的身份，只能從穿著姑且判斷是蟹江，柯南發(fā)現(xiàn)這具尸體整過(guò)容，并推斷出龜田和鯨井也是葉才三搶劫殺人案的同伙，當(dāng)大伙趕到龜田的房間時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他也消失不見(jiàn)了，柯南和服部推理出現(xiàn)分歧兩人決定各自行動(dòng)，可在調(diào)查期間服部遭遇危險(xiǎn)，沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，甲板上再次響起槍聲，心虛的鯨井決定交代一切，這時(shí)，鯨井突然被不明人士射傷，鮫崎趕到甲板時(shí)卻看到……