新一遭到某人綁架到白色房間，而且被迫回想起許多過去發(fā)生的案件。新一好像突然想到什麼，對著小蘭說”這一切都是你做的”。可是就在此時(shí)，兩人突然被玻璃隔開，房間里放出白色的煙霧，不久後兩人都失去了意識。當(dāng)新一醒來的時(shí)候，已經(jīng)離開白色房間，而且在現(xiàn)場有很多警察。第一個(gè)反應(yīng)就是要找小蘭的他，卻發(fā)現(xiàn)法醫(yī)站在小蘭身邊，而且後來還告訴她小蘭已經(jīng)死掉的消息...

某天小五郎偶遇了大木田社長并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

這時(shí)，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。