柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點(diǎn)見面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過推理，他們一行人來到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價(jià)蛋糕，在這里每個(gè)師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點(diǎn)，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時(shí)候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長(zhǎng)橋垣，而嫌疑最大的就是這三個(gè)蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對(duì)每個(gè)人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

聽到自己將要被分派到鳥取縣警局進(jìn)行聯(lián)合搜查時(shí)，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時(shí)，柯南等人在上學(xué)的路上遇到了一個(gè)神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個(gè)人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒想到的是千葉警官和這個(gè)叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當(dāng)時(shí)，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位，在那兒結(jié)識(shí)了悶悶不樂的大學(xué)生牛込嗣夫。后來，牛込迂的社團(tuán)成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買東西回來。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當(dāng)元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車場(chǎng)時(shí)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)了牛込已經(jīng)死在車內(nèi)！

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂?shù)木褤羰譄o法射擊，此次計(jì)劃也只好暫時(shí)取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護(hù)好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車?yán)^續(xù)進(jìn)行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進(jìn)行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。