小五郎作為顧問(wèn)加入了洋子拍戲的劇組，拍攝結(jié)束后，小蘭找男主角那智簽名時(shí)卻看到了他被攝影師安西威脅場(chǎng)景。晚上大家其樂(lè)融融的回旅館聚餐，期間妙子曾回家取東西，她的未婚夫島崎外出賣(mài)煙，回到旅館后的妙子看到外出的安西神情充滿(mǎn)恐懼。小蘭和洋子外出買(mǎi)東西的路上，發(fā)現(xiàn)了死在神社的安西，柯南再次展現(xiàn)推理頭腦，找出真兇。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿(mǎn)天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽(tīng)到一高大黑衣男子的通話(huà)，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒(méi)能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線(xiàn)索？

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時(shí)，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f(shuō)倉(cāng)庫(kù)里有麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜，這種重要線(xiàn)索柯南自然不會(huì)放過(guò)，他和警察一起去找樂(lè)譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書(shū)，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說(shuō)出真相。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來(lái)，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開(kāi)槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請(qǐng)來(lái)的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們?cè)陝?dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來(lái)到機(jī)房說(shuō)他已知道誰(shuí)是基德……

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤(pán)。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話(huà)詢(xún)問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！