柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時候，將事情的來龍去脈全部告訴了灰原，沒過一會兒，高木警官趕來辦案，柯南詢問后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因為不能暴露身份，所以他接受偵訊時支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來解圍。

步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號的字條，少年偵探團集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個冒牌飼主二本松，雖被識破但他還是用花言巧語騙過了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

竹內(nèi)先生因為肇事逃逸而被檢察官拘留，可妃英理認(rèn)為竹內(nèi)既然是自首并主動承認(rèn)罪行應(yīng)該有被保釋的權(quán)利，之后，柯南和小五郎經(jīng)過調(diào)查發(fā)現(xiàn)撞人的可能是竹內(nèi)的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒想到的是竹內(nèi)才被保釋出獄，他就在自家陽臺跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發(fā)現(xiàn)場……

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因為五年前他曾有過含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。