通過(guò)大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開(kāi)始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒(méi)被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。

泡沫、熱氣和煙的實(shí)驗(yàn)與室溫并沒(méi)有關(guān)系，在聽(tīng)到三人單獨(dú)的問(wèn)話后柯南鎖定了兇手。再次來(lái)到公寓的柯南又實(shí)施了實(shí)驗(yàn)，事發(fā)時(shí)吵鬧不停的鬧鐘和他們到達(dá)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場(chǎng)證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

一封寄給服部平次奇怪的信件，里面有著一個(gè)月前殺害設(shè)計(jì)公司社長(zhǎng)若松耕田先生的殺人兇手寄來(lái)的東西，和葉代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜訪了若松先生的大阪老家，在哪里他們看到了一個(gè)頭發(fā)很長(zhǎng)令人毛骨悚然的人，而這個(gè)人在停電的時(shí)候卻消失的無(wú)影無(wú)蹤，更奇怪的是若松先生刻在瓷磚上的死亡訊息也跟著消失了。

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來(lái)到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問(wèn)高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬(wàn)年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬(wàn)年的訊息便是UFO。

被襲擊的迫田暈倒前指向了小蘭，擁有空手道段數(shù)的小蘭被懷疑，尋找到目擊證人的柯南還從飾演過(guò)蝴蝶夫人的兩位演員身上找到了小蘭飾演角色的原型，而劇本內(nèi)第二起殺人事件的死亡訊息也不知道蘊(yùn)含著什么意義。案件變得更加撲朔迷離，擁有犯罪嫌疑的人越來(lái)越多，而在案件還沒(méi)解決的情況下又有人遭到了襲擊。