警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門(mén)進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開(kāi)事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車(chē)上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

"圣魂村地處偏僻，山路崎嶇，村里人煙稀少，很少與外界接觸。在竹林深處的小木屋里，爐膛里的小火苗燒得正旺，盡管外面下著鵝毛大雪，可是小木屋里卻溫暖如春，少年唐三睡得正酣，他又一次夢(mèng)到自己來(lái)到一個(gè)魔幻世界，地上種滿了藍(lán)銀草，遠(yuǎn)處傳來(lái)一個(gè)女人溫柔的喊聲，她喊著唐三的名字，答應(yīng)會(huì)一直等他，唐三被夢(mèng)嚇醒，他覺(jué)得那溫柔的聲音是母親的。唐三冒著大雪出去劈柴，把爐膛的火加到更旺，他準(zhǔn)備好飯菜給父親唐昊送來(lái)，發(fā)現(xiàn)他又醉得不省人事，自從妻子三妹難產(chǎn)死后，唐昊就因傷心過(guò)度開(kāi)始酗酒，唐三很小就看到父親這樣，他早已經(jīng)司空見(jiàn)慣，把父親扶到床上睡下。天剛蒙蒙亮，唐三就像平常一樣拿著那本“玄天寶錄”來(lái)到森林深處修煉絕技，這門(mén)絕技必須在清晨紫氣東來(lái)的時(shí)候修煉，唐三一心想練到玄天功第九重，可是過(guò)了第一重就遇到了瓶頸，他始終無(wú)法沖破。唐三聚精會(huì)神練功后，返程路上看到倒地的車(chē)子，聽(tīng)到旁邊傳來(lái)奇怪的聲響，唐三扒開(kāi)草叢，發(fā)現(xiàn)人面魔蛛只得慌忙逃跑，逃跑途中擺脫不了只能用他的暗器刺瞎人面魔蛛的眼睛。可這刺激人面魔蛛來(lái)尋仇，唐三拼命反抗，人面魔蛛對(duì)他步步緊逼，招招致命，唐三嚇得落荒而逃，魔蛛對(duì)他窮追不舍，唐三腳下一滑摔倒在地，他嚇得緊

和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽(tīng)到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來(lái)的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來(lái)了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開(kāi)救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無(wú)助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺(jué)得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫(huà)上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……