緊張的氣氛不僅圍繞在賽場上，在場下尋找另一支寫有其他線索手機的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號，柯南還特意借來小五郎的收音機以方便了解賽場上的情況，所幸在第二支手機響起之時被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費解的數字，經過商量，三人決定分頭行動，雖然最終還是找到了第三只手機，但里面的所留下的線索只有一個括號和數字13，柯南和服部能否解開這個不同于前兩次的數字暗號？

小五郎因為受國友家的執事赤冢的委托，幫助他們解開惡靈的詛咒而來到國友家的公館。隨后，柯南他們面對的是公館收到的謎樣的卡片和在4號多次發生的奇怪事件。主人國友淳大再次請求他們在公館內重復調查。晚飯后，呆在2層房間的柯南他們，卻發現了在3樓的陽臺上吊著的安全公司經理關口先生的尸體。

阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發現了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發現石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發現了一具被人勒死的尸體，這里到底發生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關于寶藏的信息。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發時看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數依次擺放的細節并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發送了提示短信最終將犯人抓獲。

當阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時，卻發現這個人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識，再次認錯人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時，博士的回憶隱約浮現，柯南根據博士的說辭，破解暗號，來到了相約之地……