最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

木葉的少年忍者們都在父親的教導下練習忍術，這讓沒見過自己父親幾面的佐良娜心里很不是滋味，就連常做蠢事被鳴人追著到處跑的博人也足夠讓她羨慕。積壓已久的情緒終于爆發了，她詢問母親關于父親佐助的事情，但小櫻模棱兩可的回答并沒有說服她。一次偶然的契機佐良娜看到了佐助與鷹小隊成員的合照，照片中出現的女人讓她開始懷疑自己的身世。

博人和鹿臺的勸說并沒有打動兩義，他們反而被兩義的冰遁困住，博人更是身中幻術對鹿臺大打出手。交戰中鹿臺看出兩義一直被幻術迷惑，解開幻術后兩義終于清醒了過來，這么多年來不惜淪落為棋子的他竟然一直在幫自己的仇人。