新印象公司旗下的業(yè)務(wù)員們發(fā)生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長要求支付現(xiàn)金，隨后犯人進一步指明交付現(xiàn)金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會以什么樣的方式接受現(xiàn)金。犯人利用電磁鐵取走現(xiàn)金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調(diào)查時卻看到了他的尸體。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過來，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

圍繞著由推理游戲急轉(zhuǎn)成的殺人事件，柯南在詢問過車內(nèi)有嫌疑的人后漸漸有了線索，事件背后的兇手終于露出了馬腳，正在他上演推理秀時卻有其他的事情發(fā)生。單獨出去的小哀至今未歸，而世良真純也被神秘人物電暈帶走，但這個車上還藏著不一般的人物，最后誰是贏家現(xiàn)在還沒有定論。

在園子的邀請下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢均力敵的對手到底是什么人？到了杯戶飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場的小蘭和園子大失所望，這時，突然傳來尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過，但當(dāng)柯南趕到樓頂時卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。