在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

八號(hào)車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒(méi)有結(jié)束，在八號(hào)車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來(lái)協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

在園子的邀請(qǐng)下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢(shì)均力敵的對(duì)手到底是什么人？到了杯戶飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場(chǎng)的小蘭和園子大失所望，這時(shí)，突然傳來(lái)尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過(guò)，但當(dāng)柯南趕到樓頂時(shí)卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。

照經(jīng)營(yíng)管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說(shuō)法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來(lái)到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來(lái)了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。

正在用餐的毛利突然接到了一通電話，而打來(lái)的人是曾近因?yàn)殂y行搶劫而被毛利逮捕的冰室，在電話中冰室說(shuō)有一個(gè)人會(huì)因?yàn)槊廊ァＣc冰室沖突的一面被很多人目睹，而曾經(jīng)指正過(guò)冰室的沼尾不幸墜亡，毛利不光名聲受到了影響還間接為冰室做了不在場(chǎng)證明，看到整日酗酒的毛利后柯南準(zhǔn)備出場(chǎng)了。