就在警察要強(qiáng)行帶走小五郎時(shí)，柯南在機(jī)械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當(dāng)大家要暗中逮捕上原時(shí)，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號(hào)調(diào)查并和鈴一起進(jìn)入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

小五郎參加電影《死神陣內(nèi)》試映會(huì)時(shí)，主演南條的太太拜托他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內(nèi)的出現(xiàn)，可沒想到死神真的出現(xiàn)了，在大家追死神的時(shí)候，南條被殺，警方在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經(jīng)理人吉野遭到槍襲，大家都認(rèn)為電臺(tái)導(dǎo)演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個(gè)人比他更有殺人動(dòng)機(jī)。

柯南去體育俱樂部館參觀時(shí)，正巧看到水上運(yùn)動(dòng)的西條、成瀨和木島發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的一幕，而體育俱樂部負(fù)責(zé)人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當(dāng)晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因?yàn)闆]找到什么有用的線索，警方準(zhǔn)備以意外死亡結(jié)案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個(gè)人。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號(hào)后來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。