一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時大家在樓下的陽臺上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。

柯南和小蘭受邀請一起去參加初中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個習(xí)慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的目的，最后柯南讓兇手現(xiàn)出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

少年偵探團(tuán)到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務(wù)所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

放學(xué)后，光彥一伙兒聚在一起研究寬波段接受器時，無意中接聽到了一個綁架恐嚇電話，大家都很擔(dān)心這個被綁架的女孩性命，便決定根據(jù)這通電話找到女孩，柯南根據(jù)歹徒陸續(xù)打給女孩爸爸的電話，和伙伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質(zhì)。