元太在奧米花的路口邊找東西時(shí)，突然被身后狂奔而來(lái)的紅衣男子撞倒，元太追逐紅衣男子未果，便叫來(lái)少年偵探團(tuán)一起幫他尋找紅衣男子的下落。正當(dāng)幾人爭(zhēng)論不休時(shí)，柯南等人被警察叫住詢(xún)問(wèn)，這才得知該紅衣男子竟是一名搶劫犯，于是少年偵探團(tuán)便決定幫助警察抓到紅衣男子。與此同時(shí)，另一名紅衣男子來(lái)到警察局，告訴警察他失憶了，卻被警察以嫌疑人的身份進(jìn)行追捕。這名紅衣男子究竟是不是搶劫犯？感覺(jué)此事另有蹊蹺的柯南展開(kāi)了調(diào)查。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說(shuō)有天狗出沒(méi)的山里玩，路遇鄉(xiāng)土學(xué)者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點(diǎn)參觀，卻意外撞到鎮(zhèn)長(zhǎng)帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮(zhèn)長(zhǎng)為何要扮成天狗？他自殺的動(dòng)機(jī)又是什么？

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因?yàn)樗寄钏廊サ钠拮尤貌湃杖战杈茲渤睿脐唤杩诨貋?lái)拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應(yīng)以后不再喝酒，對(duì)唐三千叮嚀萬(wàn)囑咐，唐三發(fā)誓要做最厲害的魂師，希望學(xué)成歸來(lái)唐昊能把母親的事全部告訴他。村長(zhǎng)帶著唐三很快來(lái)到諾丁魂師學(xué)苑，自稱(chēng)大師的玉小剛在門(mén)口悠然自得看書(shū)，他檢驗(yàn)了唐三的武魂就放行，學(xué)員柳龍卻攔住了唐三，對(duì)他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒(méi)有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來(lái)學(xué)苑當(dāng)附課生，而且學(xué)費(fèi)和食宿全免，柳龍對(duì)唐三出言不遜，要把村長(zhǎng)趕走。蕭塵宇及時(shí)趕來(lái)為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門(mén)，熱情歡迎他入學(xué)，還幫他安排好宿舍，村長(zhǎng)才放心離開(kāi)了。蕭塵宇聽(tīng)說(shuō)唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認(rèn)是藍(lán)銀草，柳龍對(duì)這個(gè)廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿(mǎn)武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿(mǎn)武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據(jù)他的研究推測(cè)唐三應(yīng)該不止一個(gè)武魂，所以他苦苦追問(wèn)唐三的另一個(gè)武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說(shuō)謊，也沒(méi)有多問(wèn)，就帶他去辦入學(xué)禮，還簡(jiǎn)單介紹了學(xué)苑的情況，玉小剛讓唐三

警方分別對(duì)三位女當(dāng)事人進(jìn)行了詢(xún)問(wèn)，并檢查了她們隨身攜帶的物品，而案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)所發(fā)現(xiàn)的白色涼鞋成為了本案最大的疑點(diǎn)。在諸多線索的指引下，柯南和世良很快便推理出兇手的身份，但卻未能明白兇手的作案手段。最終在園子不經(jīng)意的提示下，柯南順利地將案發(fā)過(guò)程演繹給眾人，成功找出真兇。而兇手與死者之間，竟有這樣一段不為人知的往事……

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。