少年偵探隊(duì)本來(lái)是跟著阿笠博士一起出來(lái)露營(yíng)，沒(méi)想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進(jìn)洞探險(xiǎn)，卻在這里碰到了一伙兒搬運(yùn)尸體的歹徒，而柯南為了掩護(hù)大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來(lái)，失去了柯南的指引，少年偵探團(tuán)剩下的三人會(huì)采取什么樣的行動(dòng)？

一個(gè)名叫護(hù)田的男子來(lái)到毛利偵探事務(wù)所。說(shuō)是要找亡妻的手表，但當(dāng)他聽(tīng)到毛利小五郎的名字時(shí)又打算逃走，此時(shí)少年偵探團(tuán)的各位自告奮勇接受委托。在尋找亡妻的手表的過(guò)程中護(hù)田的房東出月在房間里看電影。突然在那個(gè)房間傳來(lái)有東西破碎的聲音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的現(xiàn)場(chǎng)卻遺留了眾多的疑點(diǎn)。

少年偵探團(tuán)在放學(xué)的途中發(fā)現(xiàn)勾在S形鉤子上的結(jié)婚戒指。光彥說(shuō)這是某個(gè)人的SOS的求救信號(hào)，少年偵探團(tuán)的成員們開(kāi)始搜索現(xiàn)場(chǎng)正在建的公寓。雖然中途誤會(huì)了島明夫婦，但是在大家的搜查下，柯南最終發(fā)現(xiàn)戒指的真真含義和“上原美里”的疑點(diǎn)。獨(dú)自面對(duì)犯人的柯南再次使用麻醉針逃離危險(xiǎn)并救出被囚禁的上原美里。

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹(shù)下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

打算盜取鈴木財(cái)閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關(guān)于鐘臺(tái)的一個(gè)事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務(wù)所里收到一封附有支票的不明發(fā)信人的信函，并且在其上方還有一行奇怪的話語(yǔ)。