少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

警方對(duì)酒廠的所有人一一進(jìn)行偵訊后，卻并沒有發(fā)現(xiàn)時(shí)什么異常，但柯南卻提出了兩個(gè)疑點(diǎn)，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個(gè)問題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話給警方，讓他們調(diào)查一件事情，結(jié)果正好證實(shí)了他的想法，兇手一定就是那個(gè)人！

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

沒過一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來的簡訊，雖然還不知道傳簡訊人的意圖，但柯南卻察覺到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見山所留下來數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點(diǎn)見面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過推理，他們一行人來到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？