小五郎開(kāi)車的時(shí)候幫助了車子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會(huì)，期間耕作因兒女們的爭(zhēng)吵以及女兒文子的到來(lái)大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒(méi)想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說(shuō)自己雖恨父親，可兇手不是她，這時(shí)，柯南看到了室外的化肥……

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開(kāi)。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

少年偵探團(tuán)在兒童跑腿活動(dòng)中，充當(dāng)活動(dòng)記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進(jìn)過(guò)，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過(guò)了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他們來(lái)到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時(shí)，兇手將少年偵探團(tuán)關(guān)到樓中，而外面拆除大樓已經(jīng)開(kāi)始，少年偵探團(tuán)能否逃過(guò)一劫？

小五郎錄制全日本偵探社的錄制節(jié)目時(shí)，制作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因?yàn)樗巧鋼舾呤郑⑶宜诓シ艂商蕉唐乃姆昼妰?nèi)離開(kāi)過(guò)攝影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在這么短的時(shí)間內(nèi)往返于九樓和四樓之間，在了解了大樓構(gòu)造后，柯南終于明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎并借來(lái)攝像機(jī)，向全國(guó)實(shí)況轉(zhuǎn)播了小五郎的推理秀。

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開(kāi)水龍頭的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來(lái)就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測(cè)，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動(dòng)機(jī)則源于兩年前。