就在光彥撥通報(bào)警電話之時(shí)，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時(shí)步美注意到柯南發(fā)出的信號(hào)，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話來分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時(shí)犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計(jì)謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

連續(xù)三年都會(huì)在生日時(shí)會(huì)收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會(huì)能夠順利舉行而邀請(qǐng)毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時(shí)鐘，而對(duì)于時(shí)鐘的準(zhǔn)時(shí)性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時(shí)候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會(huì)中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！

警方將犯案嫌疑鎖定在三個(gè)人身上，偵訊中警察發(fā)現(xiàn)他們都對(duì)唯利是圖的死者恨之入骨，之后，小林老師魂不守舍的聽完了其中兩人的錄音但表示這都不是兇手的聲音便匆匆離開了警局。次日，白鳥警官主動(dòng)來到帝丹小學(xué)向誤會(huì)他的小林老師表明心跡，不想?yún)s遭到了拒絕，當(dāng)晚，情緒低落的小林老師一人在學(xué)校值班，然而，危險(xiǎn)卻悄悄向她逼近……