殺人案件發(fā)生之后，警方立刻調(diào)查旅館中所有人的不在場(chǎng)證明，與此同時(shí)，小五郎等人分別進(jìn)入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運(yùn)送液體的容器，期間，身為畫(huà)家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫(huà)下來(lái)，就在大伙聚在德備房?jī)?nèi)研究河童時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線(xiàn)索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說(shuō)出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過(guò)是……

小五郎受東山先生之邀來(lái)到獵戶(hù)座企劃公司，沒(méi)想到在這里打電話(huà)聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來(lái)到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線(xiàn)索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！

阿笠博士和少年偵探團(tuán)在河灘看螢火蟲(chóng)的時(shí)候，垂水打電話(huà)給運(yùn)來(lái)螢火蟲(chóng)的中嶺，不想電話(huà)的另一邊卻傳來(lái)痛苦的呻吟聲，于是大伙兒匆忙驅(qū)車(chē)趕往事發(fā)地點(diǎn)，到達(dá)時(shí)中嶺已經(jīng)在自己的車(chē)子里停止了呼吸，在他的旁邊還有一瓶有毒的飲料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女兒小葵、垂水和達(dá)馬，就在鳴龍梳理案情時(shí)，柯南注意到了元太從垂水車(chē)上拿的手電筒，這正是破案的關(guān)鍵！

阿笠博士的金龜車(chē)在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車(chē)，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車(chē)子，車(chē)主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類(lèi)的話(huà)，驚恐的灰原趁機(jī)打電話(huà)向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線(xiàn)索即搶匪注重時(shí)間以及讓認(rèn)識(shí)的人互相捆綁這兩點(diǎn)，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計(jì)劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭(zhēng)分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計(jì)就計(jì)把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來(lái)，本以為一切就此結(jié)束，沒(méi)想到……