以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔任的偵探而活躍的推理劇，正在負責寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調查了耕作房間的柯南等人發現了許多古董美術品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續的劇本傳送過來，在劇本中出現了奇怪的臺詞。

柯南和小蘭跟著小五郎一起參加他的老朋友結婚前的慶祝會，在熱鬧的氣氛中新娘加門初音小姐前往美甲沙龍做指甲，但是沒想到兩小時后初音小姐留下了“永別了”這句話后隨著停車場的爆炸聲變成了一具尸體，從掉落在案發現場的假指甲上采集到的皮屑與新郎伴場的DNA幾乎完全吻合，而初音小姐雇來的偵探安室透也將事件的矛頭對準了伴場。

裝滿水果的寶箱（前篇）

少年偵探團利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點是小蘭非常喜歡的甜點，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調查。

與這起密室殺人事件有關的三人都被問話，柯南對這起在自己身旁發生的殺人事件已經有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個悲傷的故事。