"圣魂村地處偏僻，山路崎嶇，村里人煙稀少，很少與外界接觸。在竹林深處的小木屋里，爐膛里的小火苗燒得正旺，盡管外面下著鵝毛大雪，可是小木屋里卻溫暖如春，少年唐三睡得正酣，他又一次夢到自己來到一個魔幻世界，地上種滿了藍銀草，遠處傳來一個女人溫柔的喊聲，她喊著唐三的名字，答應會一直等他，唐三被夢嚇醒，他覺得那溫柔的聲音是母親的。唐三冒著大雪出去劈柴，把爐膛的火加到更旺，他準備好飯菜給父親唐昊送來，發現他又醉得不省人事，自從妻子三妹難產死后，唐昊就因傷心過度開始酗酒，唐三很小就看到父親這樣，他早已經司空見慣，把父親扶到床上睡下。天剛蒙蒙亮，唐三就像平常一樣拿著那本“玄天寶錄”來到森林深處修煉絕技，這門絕技必須在清晨紫氣東來的時候修煉，唐三一心想練到玄天功第九重，可是過了第一重就遇到了瓶頸，他始終無法沖破。唐三聚精會神練功后，返程路上看到倒地的車子，聽到旁邊傳來奇怪的聲響，唐三扒開草叢，發現人面魔蛛只得慌忙逃跑，逃跑途中擺脫不了只能用他的暗器刺瞎人面魔蛛的眼睛。可這刺激人面魔蛛來尋仇，唐三拼命反抗，人面魔蛛對他步步緊逼，招招致命，唐三嚇得落荒而逃，魔蛛對他窮追不舍，唐三腳下一滑摔倒在地，他嚇得緊

建太去撿球時透過窗戶發現了一個人身受重傷靠在沙發上，待大家發現后檢查傷者已經死亡。柯南不認為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經警察調查后得知受傷死者是房地產老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發生時河合的妻子優子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

阿笠博士帶著少年偵探團去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發現一名倒在血泊中的男子，經證實此人正是俗稱“佐羅”的連環搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運將會如何？

毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進門后三人發現桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發現了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們去了何處。正在這時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經營舊書店的事感到很不滿，爭執中眾人不歡而散。在光彥的帶領下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準備觀看蒸汽機車發動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發現裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……