小五郎受魔術師的冬城幻陽邀請，帶著柯南，小蘭前往舉行表演的米花會館。冬城告訴毛利說團員中的某人打算加害自己。據說最近，在練習中曾2次發生，由于懸掛的器材脫落而險些送命的事情。團員有身為助手的上原美佐和中川千明，影像人員石田一馬，演出家莊司真吾，起重機人員的長谷川實5人。除石田外，其余4人都有所謂加害冬城的動機，而最終在演出時冬城還是發生了意外！

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發生了……

根據死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動中，突然天降大雨，少年偵探隊進入了大宅院內機關重重的房子，元太認為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機關，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因為元太的粗心，大家掉落屋子的最底層，沒想到這里居然白骨遍地。

柯南們去參觀步美發現的可愛的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務所的一部分。2天后柯南們從步美那聽說，那個房屋賣掉了。據說買主是一對70多歲的老夫婦。而在柯南他們認識那個房屋里的老太太之后，偷拍在事務所吃晚飯的柯南們的人物也出現了，竟然是住在閣樓的家的老夫婦！而柯南也最終發現了老夫婦的真實身份。

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領下來到了謎題的所在——天使之館，當晚九點，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發現了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進一步的發現。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……