小五郎曾抓捕過(guò)的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因?yàn)闅⑷吮蛔ミM(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會(huì)再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說(shuō)出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來(lái)到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡(jiǎn)單，因?yàn)榘赴l(fā)現(xiàn)場(chǎng)除了富樫還有另外一個(gè)人。

來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。

前往海邊釣魚(yú)的柯南等人，在和代替阿笠博士來(lái)迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f(shuō)的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚(yú)、鯉魚(yú)、鯛魚(yú)和比目魚(yú)”四種魚(yú)名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過(guò)柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時(shí)候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過(guò)一面之緣，她當(dāng)時(shí)只在座位上坐了一下什么也沒(méi)點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見(jiàn)的朋友莊堂來(lái)到店里，但久瀨卻再也沒(méi)有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場(chǎng)證明。

這天作為地區(qū)體驗(yàn)采訪的嘉賓，小蘭和柯南來(lái)到了岡山。在參觀美術(shù)館的時(shí)候遇到失去記憶的奇怪女人，而在經(jīng)過(guò)檢查后發(fā)現(xiàn)身上還有扭打的痕跡。而趕來(lái)小五郎接受了調(diào)查她過(guò)去的委托。通過(guò)她畫(huà)的畫(huà)小蘭她們開(kāi)始尋找她的記憶，而就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)她們被跟蹤了。在來(lái)到野崎家的大宅之時(shí)出現(xiàn)了認(rèn)識(shí)她的人而她的名字是吉瀨萬(wàn)由美，找回名字的萬(wàn)由美卻突然逃走了！