就在步美、元太他們因?yàn)槊魈炜床坏狡诖那騿T上場(chǎng)而唉聲嘆氣時(shí)，結(jié)識(shí)了一個(gè)名叫代田恭三的男人，他將對(duì)明天無限憧憬的正能量傳達(dá)給了少年偵探團(tuán)，大家也因此變的積極起來，但柯南卻察覺到這個(gè)人的異常，果不其然這個(gè)看似充滿希望的人卻企圖臥軌自殺，這到底是為了什么？小蘭誤接了“紅色長袖t恤之謎”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百貨公司會(huì)見委托人，不想?yún)s在這里遇到……

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

柯南、小蘭和小五郎在咖啡廳結(jié)識(shí)了一名叫高畑響子的女士，她從警察那里得知的妹夫福島意外死亡后就匆忙趕回家中，現(xiàn)場(chǎng)除了尸體還有散彈槍和墜落的吊燈，警察準(zhǔn)備以意外事件結(jié)案，但身為死者同學(xué)的千葉警官卻認(rèn)為事情沒有那么簡單，他和同樣持有懷疑態(tài)度的柯南暗自展開了調(diào)查，不出所料這果然是一起有預(yù)謀的殺人事件！

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時(shí)候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過一面之緣，她當(dāng)時(shí)只在座位上坐了一下什么也沒點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見的朋友莊堂來到店里，但久瀨卻再也沒有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場(chǎng)證明。