在鈴木財(cái)團(tuán)的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時(shí)候基德忽然出現(xiàn)！柯南追著基德來(lái)到展館內(nèi)部的時(shí)候發(fā)現(xiàn)園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發(fā)現(xiàn)了基德所謂下雨的真實(shí)含義。基德按照約定來(lái)到了展館內(nèi)而樽見(jiàn)利用假的被盜信息來(lái)出售贗品的事實(shí)也最終曝光。

根據(jù)巖石上的暗號(hào)以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開(kāi)了討論，雖然沒(méi)有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個(gè)同伴吵鬧著要離開(kāi)一角巖時(shí)，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒(méi)想到兇手竟然以步美為人質(zhì)想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個(gè)成為大家英雄的人卻總給灰原一種無(wú)形的壓迫感。

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車(chē)，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車(chē)。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來(lái)到家里，而小五郎他們?cè)陂T(mén)口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過(guò)程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來(lái)到一家位于箱根的溫泉旅館，那里正好在進(jìn)行《血殷殺手》系列最新作品的拍攝，因此，大家結(jié)識(shí)了劇作家鐵山巖治、女主角名取深汐、經(jīng)紀(jì)人丹沢純作以及男主角寺堂云平。次日，元太他們一起去湖上露天溫泉的時(shí)候，卻在女湯發(fā)現(xiàn)了鐵山巖治的尸體，從現(xiàn)場(chǎng)來(lái)看兇手應(yīng)該是在發(fā)案之后趁機(jī)混入了騷動(dòng)之中，調(diào)查之后，警方將嫌疑鎖定在深汐、丹沢、寺堂三人中。

大家二次來(lái)到倉(cāng)庫(kù)后發(fā)現(xiàn)了在門(mén)上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤(pán)，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉(cāng)庫(kù)之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來(lái)警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……