阿笠博士帶著柯南等人一起來到丸見碼頭釣魚，還在這里結(jié)識了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚的位置，唯獨江尻一人在防波塊上釣魚，經(jīng)過了漫長的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚，其余人均無所獲，就在大伙兒準備離開時，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。

水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長等人則在錄像中確認了當時的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時黑衣組織已經(jīng)瞄準了小五郎……

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場的還有一個叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認識死者。與此同時，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會面。兄弟兩人在同一時間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？

柯南和元太等人在外玩耍時，遇到了三個對蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時，系川打電話給新野教授，可對面卻傳來一聲慘叫。待大家到達研究所時，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒有找到相應的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對電話動了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識的這三名蜘蛛愛好者都有殺人的動機，兇手一定就在他們之中。