京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

一日，皇上在和、紀曉嵐與小月的陪伴下，到號稱人間天堂的杭州游玩，西子湖畔，伶牙俐齒的小才女蘇卿憐受義父，原甘肅知府，新調江浙總督的王旦望之托要將名畫《清明上河圖》贈送微服便裝的皇上。 八百里加急文書疾至，稟報皇上邊疆遭敵侵犯，和驕矜自負，為討圣上歡心，主動請纓。皇上一方面寄望他能平定邊亂，同時亦能調查清楚朝野內外議論紛紛的“監糧”一案的真偽，并特地為之配了小月、莫愁這兩個“內旨監軍”。 此次杭州之行，決非單純的游山玩水，皇上對紀曉嵐清肅污吏的能力十分欣賞，要他從已在杭州任職的原甘肅知府王旦望身上打開缺口。 王旦望自然不會坐以待斃，他加緊活動，上竄下跳，勾結心腹，串聯口徑。 和帶大批隨從，與小月、莫愁一路風餐露宿，風塵仆仆，大字不識一個的小月行軍途中仍不忘職責，及時巧妙地向皇上傳回奏折。

乾隆強行指派紀曉嵐為兩江巡撫，與被封為兩江總督的和珅一同視察浙江，和珅與盧焯聽聞大驚。紀曉嵐終日沉浸在與張了了的輕吟曼舞之中，小月賭氣對紀曉嵐不聞不問。張了了在和珅的安排下裝病，紀曉嵐急忙外出買藥，遇到了在此等候的阮媽，阮媽再次當眾羞辱紀曉嵐，紀曉嵐反辱相譏，盧焯的家丁趁機起哄。紀曉嵐狼狽而歸，張了了表示不愿拖累紀曉嵐而假意離去，紀曉嵐急忙勸阻。和珅與盧焯合謀害死阮媽，并嫁禍于紀曉嵐以阻止其南下。

見到戴沾對紀曉嵐不屑，小月很是憤然，欲百般捉弄戴沾，卻不小心失足從樹上跌下，幸而戴沾出手相助。在乾隆的詢問下，和珅說出設計于紀曉嵐的真相。和珅道出自己已從神父處得知真相，讓紀曉嵐不要再虛張聲勢。戴沾表示要報答顏驥的救命之恩，誓要與紀曉嵐斗爭到底，如玉被戴沾的一腔正氣所折服，暗生愛慕。和珅、乾隆不相信紀曉嵐有迷魂煙草，于是紀曉嵐請來太后作證人。和珅、乾隆果然抽完后迷倒。太后很是驚訝，紀曉嵐坦言自己只是在茶里放了迷魂藥，懇請太后做主為顏驥全家平反。太后最終被紀曉嵐的一番肺腑之言所感動。和珅中了紀曉嵐的計，無奈只得說出顏驥被奸人陷害的真相。

為避免和珅從中舞弊，紀曉嵐自薦調查此事。紀曉嵐推薦不畏權勢的海升進行調查。和珅讓劉三盡快將煤窯脫手，劉三似有難言之隱。小月假扮皇室之人，與海升進山察探，表示要買下煤窯并約劉三在酒樓詳談。劉三得知后暗自慶幸，迫不及待地前去和海升商談買賣煤窯之事，被早已等候于此的紀曉嵐捉拿歸案。和珅表示自己查出劉三是開窯之人，并要求紀曉嵐從嚴查處，以示自己秉公執法。眾人規勸海升看在和珅的面上放過劉三，以給自己留后路，海升堅持要秉公處理，和珅擔心劉三供出真正的幕后主使而連累自己，于是命劉三服毒自盡。海升欲繼續調查，卻得知劉三已死并被家人拉回老家埋葬。