小五郎、柯南和小蘭接受工務店社長河井的款待，來到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷于釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢，赤腳握著釣魚竿。。煙火大會第一部結束，夜空變黑的時候發現倒下的河井與山崎。河井尚有意識站起，而山崎則觸電死亡。

懷疑小蘭的高中英語教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。確信密室狀態的臥室從窗戶墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調查中的平次接到和葉從大版打來的電話而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據。兩人向目暮警官建議在臥室重現案發。

小五郎受委托調查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠足，目擊了在山頂管理事務所工作的平井高也從山崖上掉下來。他們急忙到崖下去看時，平井已經死亡。同事務所工作的近藤英一郎說本來應該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發現這不是突發事故而是一起殺人事件！而在調查之后柯南也發現了兇手的真實面目以及犯罪手法！

毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！