某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南，小蘭與小五郎向著溫泉的途中，在遭苛政君主殺害的戰(zhàn)國(guó)武將沖滑秀友的墓前祭祀時(shí)。正巧結(jié)識(shí)了住在這里的一戶人家。還聽(tīng)說(shuō)了關(guān)于秀友鎧甲的詛咒的傳聞。接著那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，還知道了當(dāng)天也是這家人家中的父親因工廠倒閉即而自殺，即這個(gè)鎧甲原來(lái)的主人的祭日。

神秘女子池波女士尋找的中學(xué)同學(xué)柴田手里握著照片被殺，小五郎等開(kāi)始向相關(guān)者訊問(wèn)而柯南也弄明白了柴田手握照片的含義。“沉睡的小五郎”當(dāng)眾點(diǎn)破了池波女士的眾多謊言但卻判斷兇手另有其人。而兇手留下的鐵證就留在罪犯的手上，鐵證面前犯人最終承認(rèn)了罪行，但在犯人準(zhǔn)備自我了結(jié)的時(shí)候被池波攔下，而池波女士的身份也最終揭曉。

某天突然神秘女子池波來(lái)到事務(wù)所說(shuō)要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過(guò)池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進(jìn)入池田家的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時(shí)手里捏著的正式池波年輕時(shí)的照片！而柯南對(duì)這位委托人不夠完美的說(shuō)詞充滿了疑問(wèn)。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團(tuán)不斷增多，池波究竟是何方神圣？