正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實(shí)，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對(duì)峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動(dòng)，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢(shì)發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時(shí)，柯南出現(xiàn)……

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場(chǎng)里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時(shí)捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對(duì)這三個(gè)人進(jìn)行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個(gè)人在案發(fā)時(shí)侯都有不在場(chǎng)證明。但是看到三個(gè)人的保時(shí)捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒有不在場(chǎng)證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭(zhēng)吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？