根據(jù)綁架犯的做法柯南判斷是熟悉阿笠博士家的人所為，而最近前來(lái)查看古董壺的三組人便成了被懷疑的對(duì)象，他們所發(fā)來(lái)的小貓照片是小蘭媽媽上傳的音像，而這一切只是為了帶走步美的借口，因?yàn)樗麄冋嬲哪康氖前Ⅲ也┦績(jī)r(jià)值連城的波斯地毯。通過(guò)阿笠博士對(duì)三組人的描述后柯南鎖定了目標(biāo)，而步美的耳朵和真正地毯上都留有決定性的證據(jù)。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

警方、柯南以及公車上遇到過(guò)的偵探世良真純一起進(jìn)入別館進(jìn)行調(diào)查，他們?cè)诙前l(fā)現(xiàn)了帶有釣魚線的電動(dòng)輪椅，在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶，加之別館使用的是前后各有一扇門的電梯，將這些線索全部串聯(lián)起來(lái)之后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個(gè)人！世良先柯南一步破解案件并場(chǎng)景重新，然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣，人偶并沒(méi)有墜樓，到底是哪里出現(xiàn)了錯(cuò)誤？

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來(lái)到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問(wèn)高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬(wàn)年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬(wàn)年的訊息便是UFO。

紅色噴漆事件是近期發(fā)生的惡性連續(xù)破壞車輛案，沒(méi)想到千葉警官的車子也遭到毒手，接到報(bào)警電話和由美警官一起趕來(lái)的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順?biāo)浦圩屒~和淼子一起調(diào)查此案，想要借此機(jī)會(huì)讓遲鈍的千葉回想起來(lái)，而在兩人調(diào)查的地下停車場(chǎng)內(nèi)卻發(fā)生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關(guān)系。