雖然可以確定兇手就是大場先生，但是還有兩個疑點未能破解，就在新一深入調(diào)查的時候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風(fēng)，第二天在停車場發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點，而停車場看守的證詞又增加了疑團。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發(fā)起追擊。而經(jīng)過推理，柯南領(lǐng)會到詹姆斯信息原來指的是自己被綁架到假冒的警車之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營救手段。

小五郎帶著小蘭、柯南應(yīng)邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會，那里還邀請了眾多葡萄酒愛好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下卻始終沒有回來。小五郎和日向夫人前往酒窖看看狀況時才發(fā)現(xiàn)日向已經(jīng)被殺害。柯南無意發(fā)現(xiàn)了地上的刻意痕跡推理出兇手的犯罪手法。另一方面警官調(diào)查后門確認無法盜用鑰匙進入。而在高木警官的親身試驗后“沉睡的小五郎”道出了兇手的犯罪手法并指出了手絹上酒漬的證據(jù)。

柯南和少年偵探團幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因為目擊了連續(xù)搶劫案的罪犯而正被追殺，這時從商場頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認真起來了。元太聲稱見到連續(xù)強盜犯卻忘記在哪里看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之后少年偵探團的各位終于找到元太看到盜賊犯。