柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

"圣魂村地處偏僻，山路崎嶇，村里人煙稀少，很少與外界接觸。在竹林深處的小木屋里，爐膛里的小火苗燒得正旺，盡管外面下著鵝毛大雪，可是小木屋里卻溫暖如春，少年唐三睡得正酣，他又一次夢(mèng)到自己來(lái)到一個(gè)魔幻世界，地上種滿了藍(lán)銀草，遠(yuǎn)處傳來(lái)一個(gè)女人溫柔的喊聲，她喊著唐三的名字，答應(yīng)會(huì)一直等他，唐三被夢(mèng)嚇醒，他覺(jué)得那溫柔的聲音是母親的。唐三冒著大雪出去劈柴，把爐膛的火加到更旺，他準(zhǔn)備好飯菜給父親唐昊送來(lái)，發(fā)現(xiàn)他又醉得不省人事，自從妻子三妹難產(chǎn)死后，唐昊就因傷心過(guò)度開(kāi)始酗酒，唐三很小就看到父親這樣，他早已經(jīng)司空見(jiàn)慣，把父親扶到床上睡下。天剛蒙蒙亮，唐三就像平常一樣拿著那本“玄天寶錄”來(lái)到森林深處修煉絕技，這門(mén)絕技必須在清晨紫氣東來(lái)的時(shí)候修煉，唐三一心想練到玄天功第九重，可是過(guò)了第一重就遇到了瓶頸，他始終無(wú)法沖破。唐三聚精會(huì)神練功后，返程路上看到倒地的車(chē)子，聽(tīng)到旁邊傳來(lái)奇怪的聲響，唐三扒開(kāi)草叢，發(fā)現(xiàn)人面魔蛛只得慌忙逃跑，逃跑途中擺脫不了只能用他的暗器刺瞎人面魔蛛的眼睛。可這刺激人面魔蛛來(lái)尋仇，唐三拼命反抗，人面魔蛛對(duì)他步步緊逼，招招致命，唐三嚇得落荒而逃，魔蛛對(duì)他窮追不舍，唐三腳下一滑摔倒在地，他嚇得緊

警察開(kāi)始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場(chǎng)證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺(jué)了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個(gè)自動(dòng)起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

柯南醒來(lái)后發(fā)現(xiàn)自己身在一個(gè)狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽(tīng)到風(fēng)聲這一點(diǎn)證明他還沒(méi)被埋起來(lái)，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來(lái)。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險(xiǎn)柜被撬，存放在里面的遺囑不見(jiàn)了，這是過(guò)世的塘橋集團(tuán)會(huì)長(zhǎng)的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。