京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內(nèi)外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

賽花紅分別見過乾隆、紀曉嵐、和珅三人，并分別和他們約好同一時間在胭脂店見。三人均以為賽只約了自己，故頗為重視，都精心準備。夜里子時，三人來到胭脂店，才發(fā)現(xiàn)彼此都在，甚為失望，但也都無意離去。屋內(nèi)擺好三張桌子、備好三副文房，要三人在各自的白紙上寫下最愿對賽花紅講的話，孰若真的打動賽花紅的心就將得到胭脂店中的汝窯珍器。三人也暗自達成協(xié)議，孰知得到汝窯珍器，就將決定德州一案的判定。可此時賽花紅卻突然失蹤，讓三人惆悵不已。

軍豪不愿見到朝中大亂，黎民涂炭的悲劇出現(xiàn)，冒死諫阻。忠言逆耳、皇上大怒。莫愁以家國為名，表示愿放棄兒女之情，并險些喝下墮胎之藥。幸虧紀曉嵐以三寸不爛之舌，說服她靜待時日，總有一天可以破鏡重圓。皇上寧為玉碎，不愿瓦全，斷然拒絕墮胎入宮的提議，要帶莫愁奔走天涯。和與紀曉嵐難得默契合作，強行挽留住了他的腳步。 中秋佳節(jié)，皓月當空，卷帙浩樊的《四庫全書》編纂工作大功告成，皇上應邀來閱微草堂，與兩情相悅的莫愁團圓依偎在一起。和、太后先后亦登臨紀府，異口同聲要求皇上回宮。正鬧得人仰馬翻之際，莫愁突然動產(chǎn)，生死攸關(guān)，太后以過來人的經(jīng)驗竟擔當起接生婆的工作。 小皇子呱呱落地，眾從如釋重負。等著嗷嗷待哺的孩子，太后身上的母性復蘇，破天荒地承認了這是皇家血脈，一樁延宕多日，屢經(jīng)曲折的姻緣終于名正言順，成為事實。 皇恩浩蕩，軍豪恢復狀元名號與小月重修百年之好，豐紳殷德亦接受賜婚，與十八格格結(jié)為夫妻。勞苦功高的紀曉嵐，則被賜賞了一桿金煙袋，作為“尚方寶劍”。從此，天下的貪官污吏任紀曉嵐敲打，天下的不平之事由紀曉嵐主持公道……"

福康安與和因偷偷挪用貢珠煉取仙丹而惴惴不安，備受太后寵愛的小月跟隨紀曉嵐奉旨赴臨青州，調(diào)查藥方疑案，和見阻撓不成，詐稱可助他們一臂之力，騙取皇上信任。幾個人輾轉(zhuǎn)住進一如意樓。側(cè)面打聽到此地有一位名叫黃鐵牙的神醫(yī)。 四姑娘尾隨而至，直闖紀曉嵐房間，語帶雙關(guān)二人詩詞酬和，心照不宣。小月多疑，頓生不滿。實際上四姑娘此行特為要對御醫(yī)呂長安殺人滅口。十四王爺又密授兩位黑衣女子跟蹤四姑娘必要時斬草除根。 名醫(yī)世家出身的炳康和香草是青梅竹馬的伙伴，二人勤勤懇懇，為煉就一付能長生不第之仙藥不辭勞苦，炳唐之父，正是才因奶娘暴亡而受牽連的御醫(yī)呂長安--神醫(yī)黃鐵牙，此番在家鄉(xiāng)被香草之父，德和堂藥鋪何掌柜收留，隱姓埋名。 尷尬人偏遇尷尬事，小月剛剛與逡巡而來，闖入如意樓的和撞個滿懷，又與來無影去無蹤的四姑娘“巧遇”。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產(chǎn)生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫(yī)為如玉療傷，卻發(fā)現(xiàn)如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規(guī)勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關(guān)。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。