小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進(jìn)行大學(xué)同學(xué)聚會的女子。為了接另一位大學(xué)同學(xué)，他們一起前往海豚樂園飯店卻意外發(fā)現(xiàn)她們等待已久的藤村直美被殺害了。經(jīng)過調(diào)查之后柯南確認(rèn)了兇手的身份并向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行。

某天突然神秘女子池波來到事務(wù)所說要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進(jìn)入池田家的時候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時手里捏著的正式池波年輕時的照片！而柯南對這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團(tuán)不斷增多，池波究竟是何方神圣？

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

高木剛說完十八年的搶匪就在佐藤正義警官的四位老友之中后，便突然失去了音訊，按照柯南的建議，佐藤警官急忙趕到他們四人所去的酒屋，卻發(fā)現(xiàn)他們早已離開，根據(jù)老板的供詞柯南推理出了誰是當(dāng)年的歹徒，他告訴佐藤后，讓她自己去了結(jié)這宗案件。另一邊，步美等人私自跟蹤縱火犯遇到危險，幸虧柯南及時趕到才得以獲救，而這名縱火犯也被警方逮捕。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？