倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認(rèn)為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開(kāi)了搜查，并向純，享，耀治等人詢(xún)問(wèn)情況。而三人案發(fā)時(shí)看起來(lái)也沒(méi)有什么異常。之后柯南留意到只有書(shū)架上的百科辭典沒(méi)有按卷數(shù)依次擺放的細(xì)節(jié)并找到了隱藏在書(shū)架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來(lái)的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

小五郎受狩谷伴子太太所托來(lái)到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對(duì)可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢(xún)問(wèn)，卻并未找到，反而在小五郎等人離開(kāi)的時(shí)候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰(shuí)也沒(méi)想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對(duì)狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

某天，一個(gè)自稱(chēng)杉森政人的作家找到小林老師，說(shuō)想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來(lái)到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過(guò)調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

柯南、步美等人在阿笠博士的帶領(lǐng)下，來(lái)到假面超人的拍攝現(xiàn)場(chǎng)，不巧正好碰上攝制組休息，在這期間不時(shí)能聽(tīng)到陣陣的爭(zhēng)吵聲，劇組工作人員深町堅(jiān)決反對(duì)特效演員力石表演危險(xiǎn)動(dòng)作，可是力石卻倔強(qiáng)的想要證實(shí)自己的實(shí)力，結(jié)果在表演中發(fā)生了意外，他的車(chē)子沖破柵欄從樓頂摔了下來(lái)，力石當(dāng)場(chǎng)死亡，當(dāng)所有人都為這場(chǎng)意外感到惋惜時(shí)，柯南卻看出了這是巧妙布局的殺人事件。