園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價(jià)蛋糕，在這里每個(gè)師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點(diǎn)，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時(shí)候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長(zhǎng)橋垣，而嫌疑最大的就是這三個(gè)蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對(duì)每個(gè)人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個(gè)節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭(zhēng)論不休，這時(shí)小五郎提議進(jìn)行一場(chǎng)推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長(zhǎng)，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)服部準(zhǔn)確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號(hào)的破解之中，這兩個(gè)人到底誰(shuí)更勝一籌呢？

小五郎要去參加米花街業(yè)余文藝會(huì)演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長(zhǎng)郎一同前往會(huì)場(chǎng)。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開的飯館。大會(huì)結(jié)束后，只剩下了有人找的市松留了下來。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續(xù)第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報(bào)告說市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開了事件的真相。

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒想到這時(shí)卻……

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……