30年前，莊堂胡桃被一位少年從車(chē)禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎(jiǎng)金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線(xiàn)索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來(lái)認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰(shuí)才是正牌貨，柯南他們來(lái)到了莊堂家，沒(méi)想到在這里碰到了正在追查快要超過(guò)追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻邸．?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰(shuí)呢？

死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當(dāng)年村長(zhǎng)及其妻子遇害一案再次向大家說(shuō)明，而這個(gè)死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時(shí)趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車(chē)回家的途中，一輛車(chē)很危險(xiǎn)的在馬路上行駛，當(dāng)大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開(kāi)車(chē)的人已被人勒死。

小蘭從昏迷中醒來(lái)時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線(xiàn)索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長(zhǎng)家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒(méi)想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來(lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開(kāi)始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見(jiàn)了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。

警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫(xiě)著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開(kāi)，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸?lái)到了綾華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽(tīng)到了關(guān)鍵的線(xiàn)索，兇手就是……