小五郎一直暗地里跟蹤的人見(jiàn)松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的還有一個(gè)叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識(shí)死者。與此同時(shí)，他的雙胞胎弟弟人見(jiàn)竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時(shí)他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會(huì)面。兄弟兩人在同一時(shí)間死在不同的地方，難道這真的是傳說(shuō)中的心靈相通？

小五郎和柯南去拜訪人氣作家梅津修時(shí)，撞見(jiàn)了他的兒子與他發(fā)生爭(zhēng)吵的畫面，為了避嫌他們就暫時(shí)離開(kāi)，可是到了傍晚，梅津修卻被人毒死家中，他的手中還拿著一個(gè)顛倒的笏，就在他們解謎死亡訊息時(shí)，目暮警官和兩個(gè)關(guān)系人也匆忙趕來(lái)，警方還在死者兒子是的身上搜到了毒藥，本以為一切就此結(jié)束，柯南卻發(fā)現(xiàn)了新的線索，他將小五郎麻醉，說(shuō)出了事情的真相。

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說(shuō)想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來(lái)到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過(guò)調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來(lái)的簡(jiǎn)訊，雖然還不知道傳簡(jiǎn)訊人的意圖，但柯南卻察覺(jué)到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開(kāi)了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見(jiàn)山所留下來(lái)數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……