在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當(dāng)做根據(jù)地的貓咪，他們不小心被關(guān)進(jìn)了宅急便的配送冷藏車(chē)內(nèi)。想辦法離開(kāi)的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時(shí)手機(jī)又恰好沒(méi)電，拿出手邊所有東西的他們準(zhǔn)備想辦法向外界求助。

事故現(xiàn)場(chǎng)的三人里面可能就有近期惡性循環(huán)破壞車(chē)輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風(fēng)情的由美警官卻時(shí)常打斷兩人的獨(dú)處，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對(duì)兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車(chē)子中柯南看到了他們的共同點(diǎn)，這是兇手想要強(qiáng)迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報(bào)復(fù)行為。

以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫(xiě)腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫(xiě)了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過(guò)來(lái)，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

看似自殺的案件還存在著很多疑點(diǎn)，現(xiàn)場(chǎng)留下的物件和快速轉(zhuǎn)臺(tái)的情況讓柯南明白了作案手法，而能夠作為決定性證據(jù)的物品還藏在真正的兇手身上。奶奶受到的訊息讓恩田的謊言不攻自破，而作為冒牌小五郎的他正處于尷尬的境地，察覺(jué)到背后隱情的柯南并不準(zhǔn)備揭穿他，柯南還準(zhǔn)備讓這個(gè)冒牌的小五郎展現(xiàn)名推理指出真正的兇手。

柯南已經(jīng)從對(duì)三位女性的拜訪中知道了真正的兇手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法讓柯南非常擔(dān)心她事后會(huì)做出傻事，但柯南推理中的疏忽讓兩人陷入了危機(jī)。持槍的劫犯挾持柯南和情奈駕車(chē)逃跑，知道了情況的眾人都緊跟其后，最終世良出手救下了柯南，在營(yíng)救過(guò)程中安室和昴撞了個(gè)照面，而兩人都露出了詫異的表情。