下忍三人小隊的分組將要在今天決定，被分到同一組的佐良娜和博人都不愿意遷就對方，木葉丸交給兩人調組申訴書，只要他們能將申訴書交到七代火影手中，就有希望重新分組。在尋找七代火影的途中他們經歷了很多波折，共同克服了困難之后他們決定留在同一組，并向七代申請了“第七班”的番號。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

董卓欲廢舊立新，自己登基做皇帝。董卓在京城濫殺無辜，一片暴亂。袁紹曹操（鮑國安飾）丁原等人反對董卓此舉，董卓舉兵殺向丁原，不料丁原手下呂布勇武。手下謀士提議說服呂布來投，只需赤兔即可。呂布被策反，取丁原頭顱投靠董卓，董卓依靠呂布再次召集眾臣商議廢除皇帝之事，再次遭到袁紹曹操的反對，董卓不顧反對，進軍長安，垂簾聽政。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

五影會談即將到來，孩子們也顯得非常活躍，經過了宇智波信事件后佐良娜立志成為火影，博人卻依舊還和往常一樣計劃著自己的惡作劇。鳴人在會談中向各影說明了如今的情況，忍界將面臨新的危機，他們的敵人有著連輝夜都忌憚的力量，水影和雷影希望問題在他們這一代解決，他們并不看好生活在和平中的下一代，但風影和鳴人則有不一樣的看法。