元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運輸，開始調查。在調查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！

柯南他們少年偵探團坐阿笠博士的車去野營。在那里認識了4個戶外同好會的大學生。晚上他們中間的泰美卻不見了。柯南他們為了尋找泰美而來到放煙花的高臺，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達高臺后仍然不見泰美的蹤影，在回來的路上，卻發現了倒在路邊的泰美遺體出現在街上。雖然看似事故的現場但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

柯南去看望同學片岡純，結果被人誤認為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發現了船木的尸體，警方立刻介入調查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。