被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計(jì)劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協(xié)會(huì)的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時(shí)候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項(xiàng)圈，但幸運(yùn)的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

阿笠博士帶柯南和少年偵探團(tuán)去伊豆的海水浴場游玩，無意中聽到了當(dāng)?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上8點(diǎn)餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場調(diào)查之時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點(diǎn)，而死者滿是劃痕的手機(jī)使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實(shí)名目，但是犯人的殺人動(dòng)機(jī)又是什么呢？

雖然對現(xiàn)場進(jìn)行了調(diào)查，但警方無論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯(cuò)，真正的工藤新一登場，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……