茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

少年偵探團(tuán)在放學(xué)的途中發(fā)現(xiàn)勾在S形鉤子上的結(jié)婚戒指。光彥說這是某個(gè)人的SOS的求救信號，少年偵探團(tuán)的成員們開始搜索現(xiàn)場正在建的公寓。雖然中途誤會了島明夫婦，但是在大家的搜查下，柯南最終發(fā)現(xiàn)戒指的真真含義和“上原美里”的疑點(diǎn)。獨(dú)自面對犯人的柯南再次使用麻醉針逃離危險(xiǎn)并救出被囚禁的上原美里。

小五郎帶著小蘭、柯南應(yīng)邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會，那里還邀請了眾多葡萄酒愛好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下卻始終沒有回來。小五郎和日向夫人前往酒窖看看狀況時(shí)才發(fā)現(xiàn)日向已經(jīng)被殺害。柯南無意發(fā)現(xiàn)了地上的刻意痕跡推理出兇手的犯罪手法。另一方面警官調(diào)查后門確認(rèn)無法盜用鑰匙進(jìn)入。而在高木警官的親身試驗(yàn)后“沉睡的小五郎”道出了兇手的犯罪手法并指出了手絹上酒漬的證據(jù)。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。