小五郎詢(xún)問(wèn)阿稔有關(guān)郵票的事情卻得到郵票已經(jīng)不見(jiàn)了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂(lè)盒其實(shí)是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實(shí)原因其實(shí)是有人背后操作。而秋悟先生的音樂(lè)盒其實(shí)也只是一般的旅游紀(jì)念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂(lè)盒里暗語(yǔ)所指示出的郵票。

為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團(tuán)努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發(fā)起追擊。而經(jīng)過(guò)推理，柯南領(lǐng)會(huì)到詹姆斯信息原來(lái)指的是自己被綁架到假冒的警車(chē)之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營(yíng)救手段。

神秘女子池波女士尋找的中學(xué)同學(xué)柴田手里握著照片被殺，小五郎等開(kāi)始向相關(guān)者訊問(wèn)而柯南也弄明白了柴田手握照片的含義。“沉睡的小五郎”當(dāng)眾點(diǎn)破了池波女士的眾多謊言但卻判斷兇手另有其人。而兇手留下的鐵證就留在罪犯的手上，鐵證面前犯人最終承認(rèn)了罪行，但在犯人準(zhǔn)備自我了結(jié)的時(shí)候被池波攔下，而池波女士的身份也最終揭曉。

宇佐美過(guò)去曾殺害過(guò)被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對(duì)事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來(lái)沒(méi)有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場(chǎng)證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對(duì)疑點(diǎn)懷有疑問(wèn)的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

柯南在從大阪回來(lái)的新干線(xiàn)中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣(mài)者小倉(cāng)。途中車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉(cāng)要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過(guò)程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉(cāng)血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。