電氣的忍術課成績很差，繼續下去他就要面臨留級的危機，不愿意留級的他無意間提到了一直沒能畢業的巖部。巖部并沒有因為電氣的言論生氣，他反而主動幫助不得要領的電氣，得知巖部的文化課沒有進展時電氣也伸出了援手，相互幫助的兩人都得到了提升。自信滿滿的巖部和電氣趕往考場，但在途中卻看到了火災現場。

曹操（鮑國安飾）只身前往陳留，拉起一支隊伍，推袁紹為盟主，聯合十七鎮諸侯討伐董卓。劉關張也參與了這次討伐。曹操、袁術等八路諸侯與呂布對峙于汜水關，呂布部將華雄殺得聯軍損兵折將。這時，擔任馬弓手的關羽請求上陣，并將華雄斬殺。曹操大喜，犒賞劉關張。八路諸侯乘勝出擊，劉關張三人合戰呂布，群雄圍攻，呂布大敗，逃至虎牢關上。

在鳴人的努力下忍者學校的修學旅行將要去水之國進行，很早前被稱為“血霧之里”的霧隱村讓很多知情的人心懷不安，但毫不知情的孩子們絲毫沒有緊張感。博人在佐良娜的推薦下當選了修學旅行委員，因為惡作劇而被綁起來的他絲毫沒有反駁的余地。經過漫長的水路他們終于來到了霧隱村，誰都不清楚在這欣欣向榮的外表下會不會還隱藏著不為人知的一面。

曹操（鮑國安飾）為除后患密謀要殺劉備，陳登識破此計看穿，助劉備奪回徐州。但是曹操兵多將廣，劉備憂心忡忡。陳登獻計求北方袁紹出救兵以夾擊曹操。袁紹生性優柔寡斷，暫未出兵。經眾大臣商議，最終袁紹聽從許攸直言，發兵曹操。曹操亦不示弱，一方面派兵在徐州虛張聲勢，另一方面起兵抵抗袁紹。劉備（孫彥軍飾）識破曹操軌跡，派關羽張飛生擒對方敵將。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。